اولین و مهم ترین علت سبز شدن آب آکواریوم کلونی جلبک ها می باشد. وقتی نور و مواد غذایی در آب به حدی برسد که جلبک های تک سلولی بتوانند به خوبی زاد و ولد کنند و کلونی جلبک ها را تشکیل دهند، شاهد سبز شدن آب آکواریوم هستیم.